芯片与测序又掐架了,你到底站哪方

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本文目录

  1. 为什么测序公司不能测序,说是信号中断,什么原因
  2. 第二代DNA测序技术的操作流程
  3. 焦磷酸测序技术原理
  4. 序列测序的原理

为什么测序公司不能测序,说是信号中断,什么原因

原因在于测序时经历了PCR反应及测序反应(测序反应本身也是PCR反应)二次聚合酶的打滑现象.原因不明的复杂结构,测序结果就出现突然信号减弱或消失.出现这些现象的原因由DNA模板本身立体结构所造成的.

当DNA碱基中含GC含量高的时候,从某一位置开始聚合酶的聚合反应便无法进行下去.这样的情况,建议可以尝试换用反向引物进行测序.或者是将PCR产物做一个TA克隆后再测序,可以根本上解决测序信号中断的问题.

第二代DNA测序技术的操作流程

操作流程如下:

1、测序文库的构建

首先准备基因组,然后将DNA随机片段化成几百碱基或更短的小片段,并在两头加上特定的接头。如果是转录组测序,则文库的构建要相对麻烦些,RNA片段化之后需反转成cDNA,然后加上接头,或者先将RNA反转成cDNA,然后再片段化并加上接头。

2、锚定桥接

Solexa测序的反应在叫做flowcell的玻璃管中进行,flowcell又被细分成8个Lane,每个Lane的内表面有无数的被固定的单链接头。上述步骤得到的带接头的DNA片段变性成单链后与测序通道上的接头引物结合形成桥状结构,以供后续的预扩增使用。

3、预扩增

添加未标记的dNTP和普通Taq酶进行固相桥式PCR扩增,单链桥型待测片段被扩增成为双链桥型片段。通过变性,释放出互补的单链,锚定到附近的固相表面。通过不断循环,将会在Flowcell的固相表面上获得上百万条成簇分布的双链待测片段。

4、单碱基延伸测序

在测序的flowcell中加入四种荧光标记的dNTP、DNA聚合酶以及接头引物进行扩增,在每一个测序簇延伸互补链时,每加入一个被荧光标记的dNTP就能释放出相对应的荧光,测序仪通过捕获荧光信号,并通过计算机软件将光信号转化为测序峰,从而获得待测片段的序列信息。

5、数据分析

这一步严格来讲不能算作测序操作流程的一部分,但是只有通过这一步前面的工作才显得有意义。测序得到的原始数据是长度只有几十个碱基的序列,要通过生物信息学工具将这些短的序列组装成长的Contigs甚至是整个基因组的框架,或者把这些序列比对到已有的基因组或者相近物种基因组序列上,并进一步分析得到有生物学意义的结果。

焦磷酸测序技术原理

焦磷酸测序技术的原理是:引物与模板DNA退火后,在dna聚合酶(DNApolymerase)、ATP硫酸化酶(ATPsulfurytase).荧光素酶(1uciferase)和三磷酸腺苷双磷酸酶(Apyrase)4种酶的协同作用下,将引物上每一个dNTP的聚合与一次荧光信号的释放偶联起来,通过检测荧光的释放和强度,达到实时测定DNA序列的目的。

序列测序的原理

测序从第一个测序引物的延伸生成第一个read开始。在每个循环过程中,带有荧光标记的的核苷酸竞争性的加入生长链。基于模板序列,只有一个核苷酸被加入。在每添加一个核苷酸后,簇被光源激发,并发射出特异荧光信号,这个过程被称为边合成边测序。循环的次数取决于read的长度。发射波长和信号强度一起,决定了碱基的call。对于给定的cluster,所有相同的read被同时读出。在大规模并行的过程中,数以千万计的簇被测序。在第一个read结束后,read产物被洗去。

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全基因组甲基化测序